Обёртываешь каждую иконку в свой артборд. Алгоритм:
1) Убедись, что каждая иконка является группой (все элементы сгруппированы - CTRL+G) или составной формой (compound shape - CTRL+8)
2) Включи artboard tool (SHIFT+O), натяни на иконку арборд "на глазок" (принцип тот же, как у выделения)
3) Теперь, чтобы точно обернуть артборд по краям иконки - щелкни по ней два раза.
4) Проделай это для всех иконок
5) Save as -> SVG, поставь галку "use artboards"
всё.
