Vit

Открываем фаербаг и смотрим заголовки ответа:
Server nginx/1.2.1
X-Powered-By Express

Так что вероятно да, node.js спрятанная за Nginx.

Насчет "мгновенно" я не очень то и согласен, фаербаг показыват что 140 мс страница генерится, у меня на том же пхп и побыстрее бывало. Так что ничего особенного имхо.

Что бы модуль был автономен.

У вас неправильная постановка вопроса. Для того, чтобы модуль был автономен, ему не нужна папка с ассетами. Нужно только, чтобы он содержал все нужные ресурсы, а куда уже они будут публиковаться - это совершенно неважно для автономности.
Кроме того, совсем-совсем автономными модули в yii быть не могут, их в принципе нельзя использовать отдельно от родительского приложения, см. документацию www.yiiframework.com/doc/guide/1.1/ru/basics.module :

Модуль — это самодостаточная программная единица, состоящая из моделей, представлений, контроллеров и иных компонентов. Во многом модуль схож с приложением. Основное различие заключается в том, что модуль не может использоваться сам по себе — только в составе приложения.

Делать директорию модуля доступной из веб - это не очень хорошо. Возможно вам надо не в сторону модулей посмотреть, а в сторону разбиения yii-приложения на несколько других приложений, например habrahabr.ru/post/180679 или habrahabr.ru/post/207454

1. В качестве ключа memcached можно использовать конкатенацию key1 и key2.
2. Вы уверены что вам нужен memcached? Выборка по ключу из таблицы в 10млн в MySQL не занимает много времени. Если составной индекс по key1+key2 есть.

ilib.mccme.ru/pdf/kurant.pdf отличная книга, рекомендую

Наверное чтоб склонить побольше пользователей к покупке платной версии и их платной поддержкой.

есть ARM-репозитории и дистрибутивы (для дебиана во всяком случае точно).
Отличаться могут составом пакетов. Скорее всего для ARM их будет поменьше.

Как вариант: допустим вы разработали новый функционал. В процессе разработки менялась структура базы данных. А хочется протестить его на данных с продакшена. В этом могут помочь миграции баз данных (лично я без них уже вообще разработку не представляю).
Вы берете дамп БД с прода. Заливаете себе. Накатываете на него последние миграции и получаете базу с продакшена, но уже с новой структурой. Можно запускать на ней тесты.

Есть и более высокоуровневое, например:
HttpListener
WCF
WebAPI

что рисуется последним, то рисуется поверх всего остального

Ну вообще говоря любая канва себя так ведет)) В html5 так же

при сворачивании-разворачивании окошка канва чудесным образом удаляет все линии, при этом не трогая другие элементы (шейпы например).

Я очень давно на Delphi не писал, но по-моему чтоб такого не происходило, надо все рисовать в объекте TBitmap, а на канву его выводить в событии onPaint.

Можно сразу писать на PHP, но там плохо с безопасностью

В проблемах с безопасностью виноват не PHP, а прокладка между креслом и компьютером. И это к любому языку применимо.

По теме: если в виде веб-приложения хотите, то вам так и так скорее всего яваскрипт понадобится. Если не хотите учить несколько языков, то можете и бэкенд тоже на яваскрипте писать (node.js)

Что можно вообще сделать, чтоб nginx заработал в режиме прокси без танцев с апачем с подобной конфигурацией?

Можно прокси прописать в location /
Тогда все будет проксироваться достаточно прозрачно на апач, и htaccess нормально будет работать. Но если вам хочется, чтобы статику все же nginx отдавал а не апач, то надо для статики отдельный локейшн настроить.

Есть ли различия при настройке этой бяки или какие-нибудь предварительные танцы, которые необходимо предусмотреть?

Принципиальной разницы нет. Отличается структурой конфигов только (по-разному на файлы разбиты, по-разному файлы и папки с конфигами называются и т.д.), а суть та же.
На CentOS правда бывает нередко SELinux включен, который дополнительного гемора при настройке нередко добавляет.
Собственно, никто вам не мешает поднять у себя виртуалку с CentOS, чтобы максимальное сходство с сервером клиента было.

У клиента крутится две виртуалки: на 80м порту и зеркало на 443м. Нужно ли что то в конфиге добавить?

Вот этот вопрос не совсем понял, что вы имеете в виду.