Насколько я понял:
вы хотите чтобы по sub1.youdomain.ru открывался ip.ip.ip.ip:80
а по sub2.yourdomain.ru открывался ip.ip.ip.ip:123456 - верно?
Тогда вот
здесь рассматривается пример DNS записи типа SRV на примере сервера TeamSpeak, где как раз выполняется то что вам нужно.