>> Я утверждаю, что вставка записей в таблицу по 10 тысяч за раз
Что то я в вопросе не вижу вставки больше одной записи.
>> Далее, я утверждаю, что основная проблема связана с перестройкой индекса
Как уже писали, проблема с индексом связана лишь косвенно. Это скорее всего кешь и диск.
Всю критику я обосновал. Предлагать городить костыли и менять архитектуру приложения из за того что сервер не достаточно оптимизирован, это как то, кхм, странновато что ли.
В вашем совете есть только одна хорошая мысль, вставка в таблицу в которой нет записей будет работать быстрее потому что там нет записей ) Вот только беда, как мы будем обрабатывать ошибку которая произойдет уже при переносе данных из short_log в основную таблицу? Как будем делать rollback транзакции?
Глупости какие то, пакетная вставка решается через транзакции, с innoDB только так и надо работать, хранить дату интом нет смысла datetime и так целочисленное значение.