fdff7

Заведомо непонятный ход с 1 винтом, да ещё и не в RAID. Да, SSD улучшит положение дел, и возможно решит данную проблему. Такой конфиг только под домашний веб-сервер можно использовать.
Но на будущее, если сайтов больше 3-5, делайте RAID массив. Это ускорит работу и поможет сохранить данные в случае смерти одного из винтов.

Начать стоит с файловой системы.
Одной из наиболее частых ошибок разработчиков (даже опытных) является недооценка важности лимитирования количества файлов на директорию. Если их больше 1000 или приближаетесь - очень желательно дробить по субдиректориям.
Так же нелишне будет проверить сколько инодов вообще доступно системе, может вы уже на пределе плаваете и любой новый десяток темповых файлов заваливает всё дело ))

п.с. (#df -i)