Не надо давать команды из под рута содержащие rm -rf, особенно из корня системы и если нет четкого понимания, к чему это может привести. Последствия могут быть самые фееричные: никто ведь Вашему советчику не может запретить "немного ошибиться" и Вы снесете себе пол системы, пока rm не заклинит ))
Для переустановки можно ничего не удалять, тем более таким неоднозначным способом, а просто установить "насильственно": apt-get install --force-yes <пакет>.
Но правильней будет удалить битый пакет средствами самого apt-get, а затем проверить зависимости и обновления:
apt-get remove --force-yes <пакет>
или, если не помогает, с помощью dpkg
dpkg --remove -force --force-remove-reinstreq <пакет>
apt-get update --fix-missing
а после этого уже устанавливать по новой:
apt-get install -f <пакет>

п.с. есть еще вероятность, что проблема в файлах блокировок и статусов, но это редкость.
Скорей всего все заработает и так )

Пусть мечта останется просто мечтой )
Это требует колоссальных затрат на хостинг, особенно впечатляющими они будут для новичка. Если "тубы" вынесли с рынка кучу опытных людей, которые годами кормились на адалте, но новичку для того, чтобы не прогореть в первые же месяцы, нужно настолько нечеловеческое везение, что намного перспективнее играть в лотерею.
Просто поверьте на слово ))

Подобные задачи решаются с помощью ВПН вполне тривиально.
Если в Вашем случае соединение установлено успешно и Вы с одного роутера видите другой (по внутренним впн адресам), значит дело в роутинге. Каждый роутер должен знать, какая сеть расположена за другим, иначе будет ситуация как у Вас - никто никого не видит )
Пример:
роутер1: впн адрес 10.8.0.1, сеть за ним 192.168.1.хх
роутер2: впн адрес 10.8.0.2, сеть за ним 192.168.2.хх

На первом роутере прописывается статик роут: route add 192.168.2.0 mask 255.255.255.0 gateway 10.8.0.2
На втором, аналогично, но наоборот )): route add 192.168.1.0 mask 255.255.255.0 gateway 10.8.0.1
Команды могут незначительно отличаться в зависимости от софта, скорее всего у Вас вообще будет графическая админка, а там что-то вроде "сеть", "маска", и "шлюз", в примере это соответствует первому, второму и третьему значению.
При условии, что все компьютеры в сетях имеют шлюз по умолчанию == внутреннему айпи своего роутера (х.х.1.1/х.х.2.1.), все должно заработать сразу после добавления роутов.

п.с. А прозрачности в мак-адресах, можно добиться опцией "proxy-arp" ;)

Начать стоит с файловой системы.
Одной из наиболее частых ошибок разработчиков (даже опытных) является недооценка важности лимитирования количества файлов на директорию. Если их больше 1000 или приближаетесь - очень желательно дробить по субдиректориям.
Так же нелишне будет проверить сколько инодов вообще доступно системе, может вы уже на пределе плаваете и любой новый десяток темповых файлов заваливает всё дело ))

п.с. (#df -i)