Быстрые ссылки Яндекс определяем сам. Как правило это сквозные ссылки из меню, ссылки через весь сайт. Или теги ссылки тоже через весь сайт. Если ссылки исчезли значит какое то изменение всё таки было на сайте. За очень редким исключением Баг самого поисковика, но это один случай из 50. Смотрите не были эти сквозные ссылки в коде закрыты от индексации тегами noindex например. Если это ссылки теги, то возможно пропал или был удален блок с этими ссылками. Ещё вариант, на сайт был добавлен какой то сквозной блок новый например, например блок собирающий адреса для емеил рассылки, который в свою очередь мог повлиять на уникальность всех страниц сайта в целом. Или был убран какой то блок, который тоже так же мог повлиять на уникальность. Или как вариант в коде сайта блок с меню продублировался дважды например, одно меню вы видите в браузере, а второе нет, но в коде оно тоже есть. В общем эту задачу может решить только опытный сеошник, который постоянно наблюдает за сайтом. Надеюсь помог.
