Как получить доступ к файлам на сервере через 2 ssh?

Очевидно: не нужен был бы проброс портов, т.к. нужный адрес уже был бы доступен по VPN. Большинство VPN используют UDP для инкапсуляции, таким образом нет проблемы с двумя уровнями congression control.

CPanel или DirectAdmin?

@121212121 Для индивидуальных покупателей или для хостеров, которые делают реселл? Если второе - то сталкивался лично и явно было НЕ одно название - нам помогали разбираться с просевшей производительностью файервола делая несколько пересборок ядра, например. Но было не быстро, да.

Как исправить ошибку отправки XML файла посредством HTTP POST запроса?

Content-Lengh совершенно точно необходим - это же POST, тут без него никак не узнать, что запрос кончился.

Анализ графиков загрузки и оптимизация web-сервера?

Это решение поможет, если были блокировки таблиц из-за записи, например - таблицы сессий и прочие часто обновляемые вещи. Стоит посмотреть статистику по апдейтам таблиц:

SELECT * FROM INFORMATION_SCHEMA.TABLE_STATISTICS ORDER BY ROWS_CHANGED DESC;