На самом деле, вы платите не за ПО, обеспечивающее синхронизацию двух ваших виртуалок, а за пользование дисковым пространством на Amazon S3 (aws.amazon.com/ru/s3/). "Бесплатным аналогом" S3 является Openstack SWIFT, которое умеет даже совместимый API.
Только если вам нужно просто синхронизировать файлы на 2х виртуальных машинах, вам ничего подобного "монструозного" не нужно, достаточно использовать утилиту rsync, которая умеет ровно то, что вам нужно - синхронизировать содержимое файлов/каталогов. Либо, если вы привыкли непосредственно к TurnKey Backup & Migration, он является надстройкой над Duplicity, которая умеет в качестве бекенда не только облачные хранилища, но и ssh/local file и др.