Как отключить скрытие node_modules в phpstorm?

Папку system можно грохать спокойно, там лежат кэши и всякая статистика, и вероятно именно эта папка занимает много.
Сносить config можно в том случае если вам точно не понадобится из этого конфига восстанавливаться, типа если например каких-то кастомных настроек вам не хватает. Но он не должен много весить, так что можно и оставить.