Что я делал:
1. удалил/отключил все плагины
2. удалил папку .idea
3. запускал invalidate and restart много-много раз
4. проверял scopes, show excluded files
5. обновил phpstorm
6. прочитал кучу советов про vue-for-idea
Мы в PhpStorm с коллегой из WebStorm подумали и ничего дельного не решили, на ум приходит только Show Excluded Files.
Для прикола можно попробовать запуститься с чистым конфигом (переименуйте %USERPROFILE%\.PhpStorm2018.3 и запустите Шторм не импортируя настройки), открыть проект и посмотреть как оно будет.
Если хорошо, значит дело каким-то образом в конфиге.
Если плохо, можно попробовать какой-нибудь свежесозданный проект c node_modules.
Если всё ещё плохо, то будем думать ещё.
Папку system можно грохать спокойно, там лежат кэши и всякая статистика, и вероятно именно эта папка занимает много.
Сносить config можно в том случае если вам точно не понадобится из этого конфига восстанавливаться, типа если например каких-то кастомных настроек вам не хватает. Но он не должен много весить, так что можно и оставить.