Мы в PhpStorm с коллегой из WebStorm подумали и ничего дельного не решили, на ум приходит только Show Excluded Files.
Для прикола можно попробовать запуститься с чистым конфигом (переименуйте %USERPROFILE%\.PhpStorm2018.3 и запустите Шторм не импортируя настройки), открыть проект и посмотреть как оно будет.
Если хорошо, значит дело каким-то образом в конфиге.
Если плохо, можно попробовать какой-нибудь свежесозданный проект c node_modules.
Если всё ещё плохо, то будем думать ещё.