Каким образом отделить сервер и локальную сеть - DMZ, firewall и маршрутизацией
Каким образом отделить сервер и локальную сеть, для сервера выбрать один ip, а для остальных устройств другой? - тебе в сети для самых маленьких
Каким образом настроить защиту сервера - Я не знаю какая у тебя сейчас структура но класса все в одном не получиться, лучше купить межсетевой экран. Ну вот тебе пера слов для начального копания, iptables, file2ban, само тело php сервера, безопасность cms.
Возможно это поможет навести справки и определить куда копать, а так защита это целая стратегия. Решения подбираются под конкретную ситуации и возможности. Короче тебе все равно придется читать маны))