Если есть возможность изменить classpath при запуске приложения, то сохраните измененный класс в отдельный jar-ник и поставьте этот jar-ник в classpath'е до исходного (который вы передалали).
Загрузчик первым найдет ваш класс, загрузит его и уже не будет грузить исходный класс.