С помощью чего можно вытащить из сотни html документов содержимое определенных тегов и поместить в один текстовый документ?

Я советую этот. Просто использовать и результаты показывал хорошие. Ну и не такой старый.

Какие технологии использовать для обучения javaEE?

А ещё guice и myBatis.

Какие технологии использовать для обучения javaEE?

А ещё можно Vaadin — вся логика на сервере, а на клиенте GWT-обертка.

Движок мониторинга

ZABBIX мегавещь, сам его использовал для мониторинга огромной сети предприятия. Но человеку нужно что-то попроще, имхо.

ПО для мониторинга состояния сервера

Использовал ZABBIX на прошлой работе. Мониторил всё что можно — начиная от датчиков температуры в UPS до загрузки серверов и доступности web-сервисов. Подконтрольных устройств было порядка 300.