endymion

Ну и зачем ты собрался изобретать очередной велосипед?

GWT/Vaadin + Spring/Guice + MyBatis(к чёрту Hibernate!).

Если есть доступ в интернет, то join.me — мегавещь.

IntelliJ IDEA — если готовы заплатить, то это самая адекватная IDE из всех трех.
Между Netbeans и eclipse, я бы выбрал Netbeans — попроще, зато стабильнее.