emp1re

https://docs.mongodb.com/manual/reference/operator...

timestamps в схемы добавь.

Знаю 4 способа -
1. Через find - db.collection.find( { _id: "1" }, { item: 1, status: 1 } ) - второй аргумент оставляет нужные вам поля.
2. Через aggregation - db.collection.aggregate( [ {$match: _id:"1"}, { $project : { item : 1 , status : 1 } } ] ) - $project оставляет нужные вам поля.
3. Сами формируете обьект ответа из результата выборки.
4. db.createView() - создаеться readOnly таблица с нужными вам полями.

mongoose это odm, никто не говорил что нельзя агрегацию на sсhema mongoose использовать.
Сам юзаю mongoose только для валидации данных, и то это уже так же реализованое в нативном драйвере.
по поводу кода что-то в таком духе

user.aggregate([...])
где user = new mongoose.Schema('User')

Как обновлять stage?

db.collection.update( { stage: { $elemMatch: { name: null } },
   { $set: { "stage.$.name" : "SomeAmazingName" } })

Добавлять их?

db.collection.update( { query },
   { { $push: { scores: object })

Нужно один раз открыть.

const mongoose = require('mongoose');

mongoose.Promise = global.Promise;
mongoose.connect("localhost:27017", function(err) {
	if (err) {
		console.log('MongoDB Connection Error:', err);
		process.exit(1);
	}
});

Модели создайте отдельно. А так у вас выходит что она создается при каждом вызове ивента.

const mongoose = require('mongoose');
let dbEsspunkt = new mongoose.Schema({
    data: { type: any},
}, { timestamps: true });
dbEsspunkt.index(); // если нужно
var Esspunkt = mongoose.model('Esspunkt', dbEsspunkt);
module.exports = Esspunkt;

Очередь за вас сделает Event Loop, тут вопрос уже как вы асинхроность построите.

findByIdAndUpdate(id, {...} (err)=>{
 if(err) return callback(err) // some error haendler
} )