Как перейти к нужной директории и выполнить комманду в cmd с помощью bat файл?

либо сначала перейти в папку где лежит nginx.exe и потом его запускать, либо добавить путь к этой папке в системную переменную path - тогда можно запускать из любого места

Влезли в телефон?

ставьте приложения только из официальных источников

Стоит ли подключать более новую версию Jquery на замену стандартной 1.12.4?

Поставь новую, а ссылку на старую закомментируй, чтобы было легче откатить, если что