В основном popup'ы делают position: fixed; z-index: 100(любое большое число). Можно убрать position:fixed, должно сработать.
Без свойств всплывающего окна сложно дать какой-либо совет
a = []
for i in range(10):
b = int(input("Введите число от 0 до 100. "))
if b > 0 and b < 100:
a.append(b)
else:
print("Вы не попали в диапазон от 0 до 100")
print(a)