Если вы 100% уверены что ошибка в этом куске кода (а я в этом не уверен), то такое может быть, если:
1) вы передаете вместо FileName1 или 2 не строку, а какой-то браузерный объект, и ИЕ ломается в момент сравнения FileSpec ==…
2) Если у вас есть DOM элемент с id=FileSpec1 или FileSpec2 или форма или элемент формы с таким именем.