Заводим вспомогательную таблицу с одной единственной записью, обозначающей максимальный ID обрабатываемых записей.
CREATE TABLE limit_id_table (
max_id int unsigned not null
) ENGINE=innodb;
INSERT INTO limit_id_table values (0);
Перед запуском транзакции проводим UPDATE этой записи с возвратом обновленного значения, по этому значению определяем интервал ID для обработки.
UPDATE limit_id_table set max_id = @max_id := max_id + 100;
BEGIN;
SELECT * FROM table where id BETWEEN @max_id - 99 AND @max_id FOR UPDATE;
.....
COMMIT;
