edelweard

Возьмите юникс, поставьте core.autocrlf=false, запустите dos2unix на всех файлах, закомитьте. Тогда в репозитории все файлы будут с LF.

Потом сделайте, как сказано на Гитхабе, — и на системах с core.autocrlf=true в рабочую копию файлы будут вычекиваться как CRLF.

Кстати, core.eol, я думаю, вам не нужен, да и в гитхабовском мануале про него не сказано.

Главное — DVCS, т. е. Git или Mercurial. Централизованная система всегда хуже распределённой.
Дальше уже дело вкуса. Я предпочитаю Гит, но это потому, что я хорошо его знаю ;) Говорят, что у Меркуриала ниже порог вхождения, но для Гита есть прекрасная книга: Pro Git, которая позволяет быстро войти в курс дела…

Ужас какой-то. Никогда не понимал, зачем переводить софт для программистов. Английский всё равно учить придётся. И выучить его до такой степени, чтобы разбираться в софте, не сложно и не долго.

Я бы предложил сделать бранч, коммитить туда, а потом при необходимости слить коммиты в один более осмысленный. Если вам нужно отложить часть файлов в сторону, сделайте это на другом бранче просто. Потом сможете подмёрджить или черри-пикнуть.
Собственно, в этом и заключается Git way: коммит, коммит и ещё раз коммит.

А вот на вопрос

Почему нельзя просто добавить в stash только те, которые готовы к коммиту?

вам тут, конечно, вряд ли ответят ;) Можно попробовать спросить в гитовой рассылке или IRC: git-scm.com/community

Кстати, если здесь вам не помогут, то можете смело обращаться в support@jetbrains.com: они очень хорошо отвечают.

1. В PhpStorm никакой магии при чекауте нет. Он всегда использует те окончания строк, какие изначально были в файле (за исключением опции менять их при коммите, о которой сказал nazarpc).

2. Если вы хотите, чтобы у вас сохранились окончания при чекауте, поставьте core.autocrlf = false или input.

3. Если при чекауте из PhpStorm и из консоли у вас получаются разные результаты, значит, в настройках PhpStorm у вас прописан путь к другой инсталляции Гита (с другими настройками core.autocrlf). Т.к. при Checkout from Git PhpStorm просто вызывает git clone. Проверьте это.