Главное — DVCS, т. е. Git или Mercurial. Централизованная система всегда хуже распределённой.
Дальше уже дело вкуса. Я предпочитаю Гит, но это потому, что я хорошо его знаю ;) Говорят, что у Меркуриала ниже порог вхождения, но для Гита есть прекрасная книга:
Pro Git, которая позволяет быстро войти в курс дела…