1) Настройка сервера Проверить например что по такому пути mysite.com<имя папки> сервер не возвращает список файлов в директории
2) Проверить что будет при прямом обращении к файлам mysite.com/core/some.php (если у вас не переопределен роутинг через .htaccess)
3) Проверить авторизацию, что-бы куки были httponly
4) Если на сайте есть функции загрузки файлов то сделать все возможные проверки(https://habr.com/post/44610/)