bulochkinvalya, самое простое - удалить их из гита (предварительно скопируйте куда нибудь каталог битрикс, а после удаления из гита и гит пула на боевом-дев серверах верните на место)
PS: в истории гита эти файлы все равно останутся, а это уже совсем другая история
судя по тому, что у автора нет ресурсов на выделенный IP - то естественно очередной стартап, который перевернет мир и вытащит автора из гаража в силиконовую долину, ну или хотя бы сколково)
если /home вынести на отдельный диск, то системе рутового раздела в 60гб хватит охренеть как на долго (если не заниматься странными вещами, но от дурака защиты нет)
если в /etc/crontab или в /etc/cron.d/* то у меня для вас плохие новости