Ну, судя по описанию в комментариях, все просто: вероятно, проблема в контакте конкретного кабеля 3.0 и разъема на материнке.
При этом глючит именно один из доп. сигнальных контактов 3.0 (раз через удлинитель 2.0 все работает).
Случай так называемой "синергии", когда две незначительные по отдельности проблемы вместе дают значительный результат.
