НДС сам по себе в магазине ничего не значит. Предположу, что если вы в РФ, то нужно правильное указание НДС именно в чеке.
А в чеке НДС может появится либо из плагина оплаты, либо из настроек магазина, либо из товара, если плагин оплаты не переписывает НДС.
Мы пользуемся Я.Кассой, которая может переписывать НДС установленный в магазине или брать его из товара/магазина.
Итого:
- если у вас УСН, то проще настроить 0% в шлюзе оплаты, если он позволяет это;
- если плательщики НДС и все товары из одной группы, то НДС на уровне магазина;
- если товары с разным НДС, то через карточку товара и убедится, что шлюз не переписывает значение при передаче чека в кассу.