Похоже, бесплатное решение с нужным функционалом все-таки есть - Duplicati
Сайт -
https://duplicati.com/ или
https://github.com/duplicati/duplicati
Есть и сервер для централизованных бэкапов (платный), а клиент может работать и автономно, бэкапить файлы по расписанию на почти любые локальные, сетевые и объектные хранилища, и в том числе умеет делать инкрементальные копии больших файлов. При этом удаленное управление клиентом так же возможно через, веб-интерфейс.