Во-первых, пакет может содержать внутри себя библиотеку, исполняемый файл, либо и то, и другое. Также пакет может содержать в себе любые файлы (например, изображения с обоями для Рабочего стола). В принципе, пакет — это просто способ доставки чего-либо в систему (чаще всего программного обеспечения, конечно же, но не обязательно).
Во-вторых, если говорить о программах, то большинство дистрибутивов поставляют динамически скомпонованные исполняемые файлы в пакетах (Debian, Ubuntu, Arch Linux и др., за исключением самодостаточных пакетов), поэтому пакет, допустим, с прикладной программой может опираться на другие пакеты с библиотеками (в Debian такие пакеты обычно называются lib*).