M S

У вас тег с лого ссылается на локальный ресурс, поэтому трудно понять, что конкретно вы имеете в виду. Попробуйте поиграть с padding'ом: https://jsfiddle.net/qn2dqypg/1/

С учетом обновления: https://jsfiddle.net/qn2dqypg/2/

<a href="<?php echo home_url('/'); ?>" title="<?php bloginfo( 'name' ); ?>" rel="home">
<img src="<?php echo home_url('wp-content/uploads/logo.png', 'http' ); ?>" alt="<?php bloginfo( 'name' ) ?>" />
</a>

<img src="<?php echo get_home_url() ?>/wp-content/uploads/logo.png">