Делаешь снимок, в этот момент происходит замораживание vmdk и все изменения пишутся в отдельный файл, копируешь vmdk, удаляешь снимок.
Если бекапить windows на лету, то при первом включении всегда будут ошибки, т.к. по факту правильного выключения не было и загрузка будет как буд-то был сбой по питанию.
Использовать какой-то софт.
https://www.vinchin.com/en/blog/backup-esxi-vms.html
VeamBackup
Скриптовать
https://github.com/kenrui-group/ESXi-Backup