Т.к. я пробую через программатор, мне нужно использовать прошивку sysupgrade или всё же первый?
Рискну предположить, что ни один, в т.ч. потому, что не до конца понятно, что именно вы называете "factory firmware". Особенно, если источник её появления не на 100% точно известен.
Обычно такие трюки требуются, когда устройство "совсем кирпич", т.е. взаимодействуя с ним по какому-либо "традиционному" (хоть насколько-то "пользовательскому") каналу сделать ничего нельзя.
И заливают обычно тоже дамп, сделанный программатором, т.е. "сырой", в котором почти наверняка захвачены и те части памяти, которые пользователем либо не перезаписываются, либо если и перезаписываются, то как-то "более хитро".
Это, кстати, нередко и помогает оживить железку - восстанавливается та минимальная, самая базовая функциональность, без которой девайс "окирпичивается".
Оптимально было бы вообще залить ваш собственный дамп, чтобы сохранить индивидуальные параметры калибровки радиочасти. Понятно, что мало кто о таком заботится заранее .
Однако, не могу утверждать всё это полностью однозначно именно для роутеров (специализируюсь на том, что в профиле, не на сетевом оборудовании), и тем более для неизвестной модели, на которую накатывается кастомная прошивка.
P.S.
Ну и вдобавок не совсем понятно по какой причине вы хотите шиться именно программатором.
Если есть прошивка и инструкция к ней, то лучше идти описанным там путём.