Почему при заполнении input его значение остаётся пустым?

Вы начали отлаживать, это хорошо.
Нужно дальше отлаживать, это и есть поиск ошибки.
Например, наберите что-нибудь в input и тупо в консоли наберите $('input[name=phone]').val()
В зависимости от результата думайте дальше и так далее, пока не локализуете проблему.

Почему сервер не отдает 404 ответ?

Обратитесь к документации того веб-сервера, на который вы установили 1С-Битрикс.
Если это не ваш сервер, то обратитесь к владельцу/администратору (в поддержку хостинга).

Использовать ли Virtual Machine?

Тормозит жесткий диск. Нехватка оперативы усугубляет.

Как разрешить поисковым роботам иметь доступ к сайту, когда в htaccess стоит запрет на доступ из зарубежных стран?

Например, можно так схитрить.
Создать скрытое поле.
Если пользователь наводит мышь на кнопку «Отправить», записывать в это поле секретный код.

Думается, что роботы не умеют наводить мышь, даже если поддерживают скрипты.

Как посчитать количество дней с учетом всех выходных в MySQL?

Почему именно на MySQL, а не PHP?
Зачем такие странные ограничения?

Как получают ключи активации к Norton?

Либо это, либо какая-то реферальная система. Например, если вы потом купите, то им будет бонус.

Вывод определённого текста при условии?

Ну, у вас задачи туманно сформулированы.
Нужно либо более точно описывать условия, либо рассказать о конкретной задаче, которую вы решаете, чтобы было понятно, зачем всё это нужно.

Как передать информацию между двумя сайтами?

IT Coder, если дефицит фантазии, то по аналогии с существующими api

Как реализовать Таблицу Менделеева?

Зачем это делать? Таблица есть в Интернете. Есть Гугл. В конце концов есть знаменитая Википедия, где эта таблица уже есть с подробным описанием каждого элемента.

Вывод определённого текста при условии?

if (e.target.value == "текст 2") col1[0] = "текст 3";

Анти-бан ватсапа, существует ли?

Это надо спросить у саппорта ватсапа. Уточнить, в чём причина. И попросить настроить их систему.

Откуда пользователи тостера знают, какой у ватсапа на вас зуб?

Можно ли ссылки сделать безопаснее?

Пакуйте контент в архив и размещайте на торренте - вот вам и хеш.

Как правильно сделать перебор многоуровневого массива с формирование таблиц?

for ($i = 0; $i < 4; $i++) {
  echo "<table>";
  for ($j = 0; $j < 2; $j++) {
    echo "<tr><td>2й уровень</td></tr>";
  }
  echo "</table>";
}

Поисковые операторы?

А теперь по-русски?

Самый мощный процессор intel для LGA1151?

Что значит слабый? Виртуалка и не должна шустро работать, зависит ещё от параметров виртуализации и от гостевой ОС.

Каким бесплатным софтом можно управлять несколькими аккунтами в твиттере?

Несколько браузеров.

Почему письма попадают в спам?

Так и спамеры тоже заинтересованы в своих рассылках.
А нужно, чтобы именно адресаты были заинтересованы в получении писем от вас.

Как передать куки из curl в куки браузер?

Конкретизируйте

Почему идёт автоматическая отправка формы?

Ctrl + Shift + J в браузере. Хотя сейчас вроде просто F12 работает.
Там и сетевые запросы и консоль.
Код - console.log(...); в нужных местах ваших скриптов.

Почему идёт автоматическая отправка формы?

Так отслеживайте через профайлер. Ставьте хуки. Выводите инфу в консоль.
В общем, отлаживайте. Первый раз что ли?