Обратите внимание, что весь функционал модели Model_User на самом деле расположен в Model_Auth_User, а в Model_User только наследование. Скопируйте Model_User в application и там добавляйте нужные связи, методы и тд. Одно НО - если Вы добавляете свойство $_has_many в Model_User, то оно перезатрет родительское. Выходов два:
1. Скопировать свойства из Model_Auth_User и добавить еще свое. Это особенность Каскадной Файловой Системы Kohana, почитать можно в официальной доке или
тут (или еще где-то в интернете, на русском про основы Коханы уже все давно разжевано).
2. Свойства можно добавлять динамически, посмотрите на метод _initialize(), который вызывается для любой модели ORM. В Вашем случае будет что-то вроде:
protected function _initialize()
{
// сперва пусть отработают родители
parent::_initialize();
$this->_has_many['types'] = array('model' => 'Type','through' => 'types_users');
}
