Читать код и еще раз читать. Почитайте, что такое Шаблоны проектирования и какие они бывают. В каком порядке работает код, что куда прыгает, какие данные куда в каком виде передаются можно легко отследить в дебагере, Настройте phpstorm + xdebug и вперед.
MVC везде реализован по разному, но основная концепция не меняется. Очень часто во всяких обучалках не достаточно раскрывают, или вообще не раскрывают тему с Routing (маршрутами), хотя это, можно сказать, самое базовое и важное в реализации MVC. Попробуйте написать свой мини движок так, как Вы понимаете, что такое MVC -
понимание сразу придет.