У мень все-таки пришлось. Установка винды и консольные утилиты, видимо, думали, что bootmgr в порядке и восстанавливать ничего не надо. А если же затереть /Boot, то они явно что-то неладное подозрят. :)
Уточняю — дело не в VHD, а в установке Linux в файл на Windows-разделе.
Для примера — сейчас Wubi поставил мне Mint в root.disk и swap.disk. Интересует, как сделать это «вручную». ВМ не катит.