dmitriy

направляете m.mysite.ru на основной сайт, в роутинге
прямо в routes.php делаете проверку на субдомен m. в $_SERVER['HTTP_HOST'], если он присутствует в названии домена то $route['default_controller'] = "mymobilecontroller";

если приследуете цель создания мобильной версии сайта то там немного все по другому должно работать

//config/routes.php
$route[':any/(:any)/(\d+)'] = "startup/subcategory/$1/$2";
$route[':any/(:any)/(:any)'] = "startup/subcategory_post/$1/$2";

$route['(:any)/(\d+)'] = "startup/category/$1/$2";
$route[':any/(:any)'] = "startup/category_post/$1";

//controllers/startup.php
class Startup extends CI_Controller{

    public function category_post($post)
    {
        echo 'category_post '.$post;
    }
    
    public function category($cat,$page)
    {
        echo 'category '.$cat.' '.$page;
    }
    public function subcategory_post($subcat,$post)
    {
        echo 'subcategory_post '.$subcat.' '.$post;
    }      
    public function subcategory($cat,$page)
    {
        echo 'subcategory '.$cat.' '.$page;
    }
}

1. Используй набор классов позволяющий на основе моделей быстро создавать админские интерфейсы таблицы, формы. Модели должны иметь описание полей,связи, валидацию, можно начать с этого CRUD Model или по серьезней phpactiverecord
2. Можно посмотреть в сторону готовых интерфейсов админки для CI - Bonfire
3. Создавай и используй модули повторно, они же функциональные блоки страницы: меню, слайдер, список новостей, описание товара и т.д. Это ускорит разработку в дальнейшем.

1. нужно создать контроллер MY_Controller extends CI_Controller
2. В конструкторе MY_Controller делать проверку авторизации
3. Создавая контроллеры страниц наследуй их от MY_Controller

Смотря что вы имеете ввиду под понятием модуль, если что то вроде бандлов то getsparks.org
если модуль для Вас динамический блок страницы сайта то поищите библиотеку или напишите свою. Вообще фраймворк очень хорошо подходит под "затачивание" под свои нужды.