Если tsconfig составлен верно, то больше ничего не требуется. По-умолчанию, компилятор будет подключать и компилить все .ts и .d.ts-файлы в проект рекурсивно, начиная с той папки, в которой лежит tsconfig.json, обычно это корень проекта. Единственный важный момент: чтобы компилятор не начал искать и компилировать всё из папки node_modules, её нужно добавить в список исключаемых директорий.
Вот пример конфига:
{
"compilerOptions": {
"target": "es5",
"module": "commonjs",
"moduleResolution": "node",
"emitDecoratorMetadata": true,
"experimentalDecorators": true,
"sourceMap": true
},
"exclude": [
"node_modules"
],
"compileOnSave": false,
"buildOnSave": false
}