Конечно вредит.
Возьмите профессию водителя - эта профессия существует дольше профессии программиста.
Типичные болезни этой профессии врачи давно определили: простатит, геморрой, остеохондроз, радикулит, лишний вес, сердечно-сосудистые заболевания, мужское бесплодие и тп. Программист сидит столько же, а то и дольше.
Не факт, что обязательно будет сразу весь этот букет. Скорее человек, ведущий сидячий и малоподвижный образ жизни, будет к этим болезням предрасположен. Поэтому, даже если сейчас ничего такого нет, о профилактике забывать не стоит.