Хост - однозначно linux, это на случай совсем проблем с windows (получить мертвую виртуалку гораздо безболезненее чем получить в принципе мертвый парк машин), либо готовый xen либо kvm, можно даже virtualbox (вот уж с чем справится любой будущий админ но не рекомендую), мне нравится не готовый гипервизор а полноценный linux с запущенным на нем libvirt, машины можно настраивать как с полной виртуализацией так и lxc контейнеры.
Планируй постепенную замену windows решений на linux (раньше об этом говорилось как гипотетический сценарий, теперь - совсем неиллюзорный ближайшего будущего), реалии таковы что иначе можно в один момент получить нерабочее решение, и чинить будет именно в этот момент сложнее всего. У linux просто больше возможностей для разрешения проблем (да и самих проблем больше).
По отказоустойчивости, если сеть между машинами выше гигабит, можно настроить файловый кластер (любой), виртуальные машины спокойно будут мигрировать в пределах кластера по клику, но из коробки красиво обычно все это доступно только если хранилище на NAS (iscsi), иначе ручками. Баы данных (sql) при наличии возможности настройки master-slave/master репликации, лучше держать не на кластерной fs, да в этом случае восстановление после сбоя потребует больше телодвижений, но эти решения просто эффективнее и шустрее работают.
Максимально разделить задачи по виртуалкам, не смешивать домен контроллер, сервер приложений, файловое хранилище (кстати это вообще не нужно в виртуалке делать но если желеного NAS нет то некуда деваться)
Бакапы инкрементальные на nas, любыми средствами, можно как средствами хост машины так изнутри виртуалки (если сеть гетерогенная получится, то будут разные инструменты для win и для linux, но зато не будет привязки к гипервизору, что очень полезно в долгосрочной перспективе)
Обязательно проведи тест поломки инфраструктуры, вот пример смерти сервера, или даже обоих (умирает первый сервер, работа перетекает на резервный, а ты исключительно из бакапов пытаешься восстановить на втором всю работоспособность), при использовании кластерных файловых систем вполне возможно что все сработает на автомате с минимальными телодвижениями.
Оставь приемнику инструкцию что делать если что то сломается, минимальный опус на сотню строчек, как раз на примере своего теста (кстати, если приемник будет совсем не фонтан, можешь даже аудио видео скринкаст добавить, тебе без разницы, а подавляющему большинству новичков почему то так удобнее, только все равно добавь для копипасты текстовое описание).
