Как правильно организовать работу отдела 1с (5 человек) на тестовом сервере в разных базах 1с?
Правильно так как удобно пользователям и доступно бизнесу.
В вашем случае если им так удобно - в чем проблема?
Диски сейчас дешевые, особых требований по дисковой системе там нет, можно ставить недорогие SATA, никакие рэйды и прочие изыски под базы там вообще незачем.