Это неправда.
Я не буду углубляться в технические подробности почему, ограничусь лишь замечанием
если бы это было правдой — рекапчи как сервиса бы уже не существовало в текущем виде.
Ваш вопрос будет автоматически снят при использовании верхной архитектуры приложения.
Разница в блокировках между myisam и iinodb в том, что в первом случае при апдейте блокируется вся таблица, во втором случае только запись которая апдейтиться.
Как результат, традиционно считается что innodb несколько медленнее myisam на чтение, в силу того что при доступе к каждой отдельной записи появляются издержки на обслуживание блокировок. Сменив тип базы с mysam на innodb и делая выборку всех записей при этом база испытывает большую нагрузку на запись в эту же таблицу, вы фактически замедлили выполнения запроса из вашего примера в разы.
И скорее всего столкнулись с тем что mysql просто перестал справляться с нагрузкой. Логично предположить, что кроме такого запроса есть еще несколько таких же «изящных», которые приводят к оверхеду.
Вероятно стоит всерьез задуматься о рефакторинге, раз присутствуют в коде проекта подобного рода запросы.
Мне трудно представить для каких целей может потребоваться выборка 300K id из одной таблицы.
Я не буду углубляться в технические подробности почему, ограничусь лишь замечанием
если бы это было правдой — рекапчи как сервиса бы уже не существовало в текущем виде.