Ну не может быть такого в наше время, что бы что то без спросу удалило файлы и даже не в корзину, это же жесть.
npm audit fix
и она попытается их исправить, если это возможно. Если эта команда исправит не все уязвимости, то вам следует обновить версии пакетов самостоятельно.
Похоже всё чисто до версии 11.4.8