Отвечу вразнобой:
В качестве файловой системы для флэшек рекомендуют ex4fs с отключённым журналом.
Под системный раздел убунте достаточно 7 гигов.
Своп бы я отключил вообще если памяти хватает.
Вместо медленной флэшки можно ведь и SSD через USB подвесить.
Ну и не забыть настроить trim и обработчик очередей для флэшовых разделов.
