Я особо выбором не мучился, установил FTP сервер согласно первому попавшемуся руководству для CentOS. Проблем никаких не было.
Конечно удобнее сразу грузить файлы на сервер. Подойдет любой клиент, например FileZilla.
Шлют обычной почтой только так. Тинькофф раньше так делал, давно правда. Карта должна быть неактивированной. Неактивированная карта - это просто кусок пластика, он не стоит ничего и нужен разве что коллекционеру ;)