Возможно ли удаление id несуществующих объектов на уровне MongoDB?

pygame: ну может быть, однако, возможно уже есть либы для таких вещей, я то впринципе понимаю отличия в этом ключе.

Как правильно сделать $push в MongoDB?

Ну да, забыл так фигурные скобки, ваш вариант правильный, devices - массив объектов, у которых должны быть поля: devices_id - String, device_apps - Array.