Ростислав Григорьев

Следует убрать кавычки

db.mycollection.find({tags: {$elemMatch: {tourism: "hotel"}}})

$elemMatch тут не подходит для данной структуры, потому что он работает по списку, то есть сработало когда данные были такие:

"tags" : [{
        "building" : "yes",
        "name" : "Amish View Inn & Suites",
        "tourism" : "hotel"
    }]

Но если списка не предусматривается, то для данной задачи вполне подойдет запрос такой:

db.mycollection.find({"tags.tourism":"hotel", "tags.building":"yes"})

db.users.find({ 'emails':{ $elemMatch: {'address': 'user@gmail.com'}}})

Потому что в третьем питоне у dict нет метода iteritems.
python3porting.com/preparing.html#index-5

По моему здесь хорошо подходят вложенные документы EmbeddedDocument

Пример:

class MenuItem(EmbeddedDocument):
    name = StringField()
    url = StringField()
    sub = ListField(EmbeddedDocumentField('self'))

class Menu(Document):
    items = ListField(EmbeddedDocumentField(MenuItem))

Соответственно этой модели должно хватить на все меню с подразделами. Вместо url можно использовать slug и генерить урл в зависимости от глубины вхождения подпункта меню.