Выбирайте то, с чем лучше знакомы. Изучение займет время + будут встречаться подводные камни, с которыми вы еще не сталкивались. Это увеличит время разработки и добавит нервов.
Для каждой рубрики есть страница, на которой выводятся посты этой рубрики с пагинацией.
Если нужно в каком-то странном месте их вывести, то читай про WP_Query. В этом случае надо будет самостоятельно заботится о передаче параметров для пагинации.
100к файлов в одной папке это много для файловой системы. И в этом случае, мне кажется быстрее (или хотя бы менее ресурсоёмко) окажется мускул.
Если раскидать файлы по разным папкам/подпапкам, то файлы будут работать быстрее чем БД.
