Ну самый лобовой способ - изменить файл-шаблон так (сокращено):
class MainApp(App):
def build(self):
main_layout = FloatLayout()
# INSERT CODE HERE
return main_layout
if __name__ == '__main__':
app = MainApp()
app.run()
Тогда можно будет сделать просто
with open('file.py', 'rt', encoding='utf-8') as src:
data = src.read()
with open('file2.py', 'wt', encoding='utf-8') as dest:
dest.write(data.replace('# INSERT CODE HERE', 'тут твой код'))
Разумеется, строка # INSERT CODE HERE не должна встречаться в других местах файла-шаблона.
Также подразумевается, что файл-шаблон сам по себе, и не изменяется программно - вместо этого результат записывается в другой файл, который уже используется.