contor

По моему — самые фундаментальные — IoC и DI. Их реализует любой фреймворк. Любое веб приложение строится на каком-то фреймворке и самое главное не отходить от того жизненного цикла, что он предлагает и использовать его механизмы.

И собственно знакомиться с паттернами тоже лучше используя фреймворки…

Быстрей всего ant освоить, там все просто и прямолинейно. В maven надо инвестировать время, но оно того стоит…

Прочитайте про все и выберите под свои нужды

Скорость освоения

Вы всего скорее смешиваете понятия аудит действий и логирование.

Аудит — это как правило модуль приложения и пишет все в базу.
Логирование — как правило декларативно настраиваемая библиотека.

Решения конечно есть, но чтоб советовать конкретно — надо как раз знать, на чем пишите…